יש שני מנהגים לגבי תכני הלימוד בליל שבועות:

א - הלומד בוחר ללמוד מה שליבו חפץ.
ב - מנהג התיקון שתוקן על ידי המקובלים, דהיינו: שלושה פסוקים ראשונים ואחרונים של כל הפרשיות וכן מספרי נביאים וכתובים. (ויש קוראים בשלימות את מעמד הר סיני ועשרת הדברים), משנה ראשונה ואחרונה של כל מסכת (ויש שלא לומדים משנה), תרי"ג מצוות, מדרשים על מתן תורה, אידרא רבה וקטעים מהזוהר.

אין ללמוד משניות בלילה זה, ומי שיש לו מנהג ללמוד י"ח פרקים בכל יום, ילמד את המשניות ביום.
אין מניעה ללמוד משניות בשאר הלילות של ימים טובים ושבתות.