נוהגים שלא לחלוץ תפילין לפני סיום קדושת ובא לציון. 
המדקדקים נוהגים שלא לחלוץ תפילין לפני סיום עלינו לשבח, ולכל הפחות עד אחרי קדיש יתום שלפני עלינו לשבח. את הטלית יש להסיר רק אחרי חליצת התפילין.
מי שנאלץ לחלוץ תפילין בעת שספר התורה על התיבה, ילך לצדדיו או יחלוץ מתחת לטליתו. כל זאת אם אינו יכול לחכות עד לאחר שהספר הוכנס להיכל.
מי שמניח גם תפילין של רבנו תם רשאי להסיר את התפילין לפני ובא לציון כדי לומר קדושת ובא לציון עם תפילין של רבנו תם.