יש הבדל בין נוסח התפילה במספר מקומות בין נוסח אשכנז לנוסח ספרד. כגון: נוסח אשכנז מתחיל את התפילה בבוקר ב"מזמור שיר חנוכת" וכו' ונוסח ספרד מתחיל ב"הודו".וכן יש הבדל בפתיחת קושה בחזרת הש"ץ.
כאשר הנוסח שלו שונה, יתחיל ויתפלל כמנהגו בלחש, ובקדושה אם הוא עונה בקול אזי יענה כנוסח  הציבור והש"ץ, ואם יענה בלחש יכול לענות כמנהגו.
ולעניין סיום התפילה אם לומר "עלינו" לאחר ובא לציון או אחרי "אין כאלוקינו" יעשה לכתחילה כמנהגם.

המתפלל בבית כנסת נוסח עדות המזרח, אזי בנפילת אפיים לא יפול על פניו, כמנהגם. אלא ישב כמו המתפללים. כמו כן,  אינו צריך לומר את מזמור "לדוד אליך ה'" כמנהגם אלא יגיד כמנהגו "רחום וחנון", כיוון שהדבר אינו ניכר שהרי זה נאמר בלחש.